গণভোটে ‘হ্যাঁ’–এর পক্ষে প্রচারে বাংলাদেশ ব্যাংক থেকে বৈষম্যবিরোধী ছাত্র আন্দোলনের এক কোটি টাকা অনুদান গ্রহণ নিয়ে বিতর্ক তৈরি হয়েছে। সংগঠনের সদ্য সাবেক সভাপতি রিফাত রশিদ, সাংগঠনিক সম্পাদক মঈনুল ইসলাম ও মুখ্য সমন্বয়ক হাসিব আল ইসলামের বিরুদ্ধে অর্থপ্রাপ্তির তথ্য গোপনের অভিযোগ তুলেছেন সাবেক মুখপাত্র সিনথিয়া জাহীন আয়েশা। রিফাত অভিযোগ অস্বীকার করে জানান, অ-নিবন্ধিত হওয়ায় 'স্যাড' ফাউন্ডেশনের মাধ্যমে টাকাটি নেওয়া হয়েছিল। এটি অডিট করিয়ে বাংলাদেশ ব্যাংকে জমা দেওয়া হয়েছে; অভিযোগ উদ্দেশ্যপ্রণোদিত।